Izraz endoskopija znači "pogled u unutrašnjost". Iako se ovaj pregled gornjeg digestivmog sistema često naziva samo gastroskopija, puni naziv je ezofago-gastro-duodenoskopija (EGDS) jer se njom može pregledati jednjak (ezofagus), želudac (gaster) i dvanaestopalačno crevo (duodenum). Ovo nije samo dijagnostička već i terapijska metoda jer se njome mogu obaviti manji terapijski zahvati. Endoskopija gornjeg digestivnog sistema uključuje direktno posmatranje jednjaka, želuca i duodenuma pomoću savitljivog fibroptičkog instrumenta promera oko 9 mm koji se naziva endoskop. Pacijenti su obično budni iako im se može dati sedativ. Obavlja se u posebno opremljenoj prostoriji za endoskopiju ili na krevetu u jedinici intenzivne nege. Traje 5-15 minuta. Pacijent se postavlja u levi bočni položaj, u usta mu se postavi šuplji deo kroz koji se uvodi instrument, a koji štiti usne i zube. Endoskop se kroz usta uvlači u jednjak, želudac i duodenum. Posmatra se građa sluznice, važne strukture i traže sumnjive promene kao čirevi, erozije, polipi, suženja, tumori, prošireni krvni sudovi, mesta krvarenja itd. Malom štipaljkom i četkicom se lako može uzeti uzorak za analizu tkiva, ćelija i mikroorganizama. Endoskopom se mogu obaviti i manji zahvati kao odstranjenje polipa (polipektomija), skleroterapija (uštrcavanje sredstva koje stvrdne krvareće krvne sudove), odstranjenje stranih tela i električno spaljivanje krvarećih mesta (kauterizacija). 

Endoskop, instrument s optičkim vlaknima, dug je oko 1.2 m i širok 9-12.5 mm. Optička vlakna poput ogledala omogućavaju prenos slike do oka lekara. Unutar instrumenta nalazi se nekoliko prolaza u koji se mogu staviti pomoćni instrumenti kao klešta, petlje, četkica za citologiju, laser, kauter i sisaljka. Vazduh i voda se takođe mogu sprovoditi kroz instrument čime se omogućava čišćenje sluznice i njen bolji prikaz. Na glavi ili ručki endoskopa nalaze se dva kontrolna uređaja kojima se upravlja vrhom instrumenta: gore-dole i levo-desno. Glava endoskopa je povezana s posebnim izvorom svetlosti. Dodatna oprema uključuje dodatni pogled za drugog operatera, ultrazvučnu sondu i uređaje za fotografsko i video snimanje.

Pretraga se najčešće preporučuje kod sledećih stanja:

  • akutno krvarenje iz gornjeg digestivnog sistema u svrhu određivanja mesta krvarenja i eventualne terapije spaljivanjem ili sklerotizacijom
  • otežano gutanje
  • dispepsija, niz simptoma koji nastaju nakon unosa hrane kao nadutost, gorušica, bol i napetost u stomaku, podrigivanje i učestali gasova
  • bolno gutanje (odinofagija)
  • kontrola premalignih stanja kao što je Barrettov jednjak, suženja jednjaka, Plummer-Vinsonov sindrom
  • poremećaji uočeni tokom snimanja s barijevom kašom koji zahtevaju vizuelno dokazivanje i/ili biopsiju, npr. polipi, čirevi, tumori
  • sumnja na prepreku želudačanog izlaza
 
 Terapijska intervencija je potrebna kod:
 
  • sklerotizacija krvarećih proširenih krvnih sudova jednjaka
  • kauterizacija ili fotokoagulacija mesta krvarenja
  • lasersko odstranjenje karcinoma jednjaka
  • postavljanje cevi za hranjenje
  • proširivanje suženja jednjaka
  • odstranjenje polipa (polipektomija)